El proyecto de transformación del inmueble en Casa Museo, elaborado por el arquitecto Teodoro Fernández y aprobado por el Consejo de Monumentos Nacionales en 2006, ya tomaba forma. El único cambio de importancia en la arquitectura del lugar fue la construcción de un nuevo espacio, en el sitio donde se encontraba el garage, la cocina y los cuartos de servicio. Este lugar dio paso a la recepción de Casa Museo Eduardo Frei Montalva, la Sala Audiovisual, los baños y las oficinas administrativas. En cuanto al interior del edificio, se conservaron prácticamente todas las habitaciones, mobiliario y objetos, muchos de los cuales pasaron por un proceso de restauración.
La ceremonia de inauguración Casa Museo Eduardo Frei Montalva contó con la presencia y participación de la Presidenta Michelle Bachelet, el ex Presidente Eduardo Frei Ruiz-Tagle, sus hermanos, ministros de la época, subsecretarios, alcaldes y parlamentarios, entre otras autoridades.
